Hablar de la historia de nuestro colegio nos lleva a recordar la llegada de las Hermanas de la Congregación San José de Cluny al Perú. El 8 de junio de 1870, cuatro hermanas de la Congregación arribaron a nuestro país procedentes de Francia, atendiendo el llamado del gobierno francés que necesitaba una congregación religiosa que se hiciera cargo de una Casa Asilo, con la finalidad de acoger a los ciudadanos franceses que habían quedado solos en el Perú a causa de enfermedades o por carecer de una familia.
Nuestras Hermanas, como dignas hijas de Ana María Javouhey, aceptaron con mucho gusto esta invitación haciendo vida el deseo de nuestra Beata Madre: “quisiera estar en todas partes donde hay algún bien que hacer”; y sin dudarlo se entregaron con gran cariño y dedicación a atender a estas personas.
Al poco tiempo, la Beneficencia Francesa considera la necesidad de instalar una clínica que atendiera principalmente a los inmigrantes de ese país, y es así que la “Maison de Santé” abrió sus puertas en la calle Aljovín, en un local contiguo al asilo, siendo administrada por nuestras Hermanas de la Congregación de manera admirable durante 97 años.
La extraordinaria labor realizada por las Hermanas durante la Guerra del Pacífico en 1879, hizo que merecieran el aprecio de numerosas familias, quienes pidieron se abriera un centro de enseñanza. A la par, los miembros de la colonia francesa solicitaban reiteradamente la apertura de una escuela en la que sus hijos aprendieran el idioma de su patria. Tal fue la insistencia que la Embajada Francesa accedió a este pedido y solicitaron que nuestras Hermanas de San José de Cluny se encargaran de un colegio en el que, los niños y niñas, hijos de franceses, recibieran una educación de calidad.
Así, en abril de 1884 comenzó a funcionar en la calle Minería, la Escuela de San José de Cluny y al año siguiente ante el aumento del alumnado se trasladó a un local más amplio en la calle General La Fuente, donde brindaban educación en el nivel Primaria y a la cual no sólo asistían los hijos de las familias francesas, sino también un gran número de familias peruanas que solicitaron el ingreso para que sus hijos aprendiesen el idioma, aprovechando también el método de estudio de dicho país.
El aniversario del colegio se instituyó el 15 de julio, en conmemoración al fallecimiento de nuestra Madre Fundadora.
En 1890 se instaló el colegio en la Av. Bolivia, en un nuevo local con internado, en el cual nuestras Hermanas se esmeraron por brindar una educación de calidad en los niveles y modalidades de Primaria, Secundaria y Comercial, con intensivos cursos de francés, educación religiosa, pintura y música.
En 1913, se convierte en un colegio solo para mujeres, siendo reconocido oficialmente por el Ministerio de Educación Pública y en el año 1932 se autorizó con la Resolución Ministerial N°1274.
Con el paso de los años el alumnado siguió aumentando notablemente y el local de la esquina de la Av. Bolivia con Wilson, en el centro de Lima, fue resultando pequeño a la vez que el lugar se volvió cada vez más transitado; y sumado a las exigencias de los avances de la pedagogía, se ve la necesidad urgente de buscar un nuevo local con una construcción moderna y apropiada para la década del 60.
En el año 1963 se empieza una nueva etapa, trasladándose al nuevo y actual local en el distrito de Surquillo, ubicado en Calle Las Águilas 395 – Urbanización Jardín.
Ese año se acogió a las niñas y jóvenes que procedían del colegio de la Av. Bolivia con mucha alegría y esperanza y el deseo siempre vivo de “educar bien a las niñas para felicidad de sus padres”.
Pero la labor de las Hermanas prosiguió, pues a ejemplo de nuestra Beata Madre, quien tuvo como uno de sus fines principales la educación de la niñez y juventud y, siempre abiertas a los signos de los tiempos, escucharon la voz del Vaticano II que pedía acoger también a aquellas personas que no habían tenido la oportunidad de aprender a leer y escribir cuando eran niñas. Es así que en 1963 se crea la Escuela Vespertina Particular Gratuita María Reina (Resolución Directoral N°15820 del 19-11-64) que empezó a funcionar en las tardes y la cual hasta el año 2000 acogió a las empleadas del hogar de esta zona, brindándoles estudios de educación Primaria, corte y confección y mecanografía, así como también una intensa formación moral, adecuado acompañamiento y permanente orientación para que en las casas donde trabajaban, se les diera un trato digno y un salario justo; ayudándolas a vencer las barreras de clase, desde el punto de vista cristiano.
En el año 1995, el colegio extiende sus servicios al nivel Inicial abriendo en un primer momento el aula de cinco años para responder a los nuevos cambios y reformas que se dan en el campo educativo. En los años sucesivos se va ampliando el nivel y a partir del año 2004 se cuenta con aulas de 3, 4 y 5 años.
En el año 2001, nuevamente el Señor nos pide volver a los principios y responder a las exigencias de la época, por lo que asumimos el reto de empezar con la coeducación progresiva recibiendo a niños y niñas de 4, 5 y 6 años para las aulas de Inicial y primer grado, siendo directora sor Soledad Cañari.
Asimismo, se inicia una etapa de compromiso con los laicos Asociados a nuestra Beata Ana María Javouhey, quienes se involucraron en la tarea de “Con Amor Poner a la Persona de Pie”. De esta manera se consideró como parte importante del personal, a todos aquellos laicos que tratan de vivenciar el carisma de nuestra Congregación San José de Cluny y que se convirtió en un desafío con las exigencias múltiples, propias del nuevo siglo. Pero no estamos solos en este propósito y es por ello que formamos junto a los otros colegios de la Congregación (San José de Cluny de Barranco y Beata Ana María Javouhey del Callao) la Red Cluny, con ánimo de vivir a plenitud la Civilización del amor en unidad, Red educativa que nos enriquece y nos permiten responder acertadamente a la confianza que las familias depositan en nosotros para formar personas valientes, prudentes, audaces y decididas.
En el año 2009, nuestro colegio asume un nuevo reto al convertirse en Centro Educativo Inclusivo acogiendo de manera progresiva en las aulas de inicial a niños con necesidades educativas especiales, con la finalidad de que accedan a una educación de calidad sin distinción y actualmente tenemos estudiantes inclusivos en diversas aulas de Inicial y Primaria. Esto ha sido posible gracias a que se cuenta con personal docente de sólida vocación, comprometido e identificado con la axiología del colegio, amplia experiencia profesional y en capacitación 
permanentemente.
Nuestro Centro Educativo actualmente tiene una población escolar formada en los valores del Evangelio permitiendo así un desarrollo cognitivo – moral – socio – afectivo – kinestésico y artístico.
El colegio ofrece ambientes especiales como: Aulas con equipos multimedia, Salas de Cómputo, Salas virtuales, Laboratorio de Idiomas para la enseñanza del Francés e Inglés, Biblioteca, Laboratorios de Ciencias, Auditorio, Gimnasios, Campo deportivo, ambientes de juegos y ambientes para talleres de arte y deportes.
La Comunidad Educativa (Religiosas – Personal Docente – Administrativo y de Mantenimiento) se esfuerza día a día por hacer del colegio un lugar de evangelización donde Dios Uno y Trino sea el móvil de nuestro ser y quehacer para formar niños y jóvenes con sólida formación cristiana y académica, capaces de asumir y enfrentar el reto de lograr un mundo más humano, más fraterno construyendo así “La Civilización del Amor”.